年，中华预防医学会微生态学分会儿科学组制定的了《益生菌儿科临床应用循证指南》，其中对于肠道疾病的微生态制剂选用给出了相关建议，详情如下：
儿童腹泻病
急性腹泻病的主要治疗原则是预防和治疗脱水、继续进食以及合理使用药物等，使用益生菌可以缩短腹泻病程，减少住院时间。
迁延性及慢性腹泻病因复杂，需要积极寻找病因并予去除病因治疗。在综合治疗的同时使用益生菌可以减轻症状、缩短病程。
抗生素相关性腹泻（AAD）的预防
AAD的发生与使用的抗生素种类及疗程，患者的年龄、住院时间以及并发症等因素有关，在使用抗生素的同时使用益生菌能够明显减少AAD的发生率，并且减轻AAD的程度。
艰难梭菌相关性腹泻是AAD的一种严重类型。
化疗相关性腹泻（CID）的防治
CID是肿瘤患儿接受化疗过程中最常见的并发症之一，其发生率和严重程度因个体差异和接受的化疗方案不同而不同，在使用化疗药物的同时使用益生菌能够明显减少CID的发生率。
炎症性肠病（IBD）的治疗
目前没有符合纳入标准的益生菌在儿童IBD中应用的RCT研究，难以形成推荐意见，国内益生菌主要用于成人轻、中度活动期溃疡性结肠炎（UC）的辅助治疗，其治疗经验可供儿童参考。
肠易激综合征（IBS）的治疗
目前缺乏国内益生菌在儿童IBS中应用的报道，难以形成推荐意见成人研究表明，在IBS常规对症治疗基础上添加益生菌可以提高临床疗效。益生菌在成人IBS中的应用可以为儿童IBS的研究提供依据。
乳糖不耐受的治疗
益生菌辅助治疗婴幼儿乳糖不耐受，可明显缩短疗程和住院时间。
功能性便秘
对于儿童功能性便秘，益生菌可缩短粪便肠道运输时间，增强肠道的运动频率，使排便次数和粪便黏稠度明显改善，并且可以缓解排便疼痛和困难症状，降低功能性便秘的复发率。
幽门螺杆菌（Hp）感染的治疗
质子泵抑制剂为基础的三联疗法联合益生菌治疗能够提高儿童Hp根除率，降低不良反应发生率。
《益生菌儿科临床应用循证指南》
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